Какие файлы и папки предпочтительно отмечать для сохранения с кратким описанием того, что они сохраняют?

По умолчанию в прошивке отмечены для сохранения следующие папки и директории:

config.plugins.configurationbackup.backupdirs=['/etc/hostname/', '/etc/enigma2/', '/etc/keys/', '/etc/network/interfaces', '/etc/tuxbox/scce/', '/etc/tuxtxt', '/etc/resolv.conf', '/etc/wpa_supplicant.conf']

Их достаточно для сохранения всех своих пользовательских настроек и данных. Отмечать дополнительные файлы для сохранения надо только если Вы на самом деле знаете, что и зачем Вы хотите сохранить!